Αρχαιολογικά ευρήματα στη περιοχή Μαρουλάς της Κύθνου, μαρτυρούν ότι το νησί κατοικήθηκε στη περίοδο της Μεσολιθικής εποχής (9.000 – 8.000 π.Χ.). Αρκετά ευρήματα από τον υπαίθριο οικισμό που χρησιμοποιήθηκε ως σταθμός ανεφοδιασμού ή ορμητήριο σώζονται μέχρι και σήμερα. Με τις ανασκαφές αποκαλύφτηκαν αρχαιολογικές κυκλικές κατοικίες, τάφοι και ένας ανθρώπινος σκελετός κοντά στον οποίο βρέθηκαν λίθινα εργαλεία από πυριτόλιθο, χαλαζία και οψιανό. Ο οικισμός είναι ο μοναδικός υπαίθριος εκείνης της περιόδου που έχει βρεθεί στον ελλαδικό χώρο.
Το Κάστρο της Ωριάς βρίσκεται πριν το ακρωτήρι Κέφαλος και ανάμεσα στους λόφους Σκλάβο και Γιαλούδι στα βόρεια του νησιού. Μπορείτε να επισκεφθείτε τα ερείπια από τις παλιές κατοικίες που σώζονται μέχρι σήμερα.
Το Αιολικό & Ηλιακό Πάρκο βρίσκεται λίγο έξω από τη Χώρα κοντά στο ελικοδρόμιο,σημαντικό αξιοθέατο του νησιού όπου μπορείτε να δείτε ανεμογεννήτριες και ηλιακούς συλλέκτες που αξιοποιούν την ηλιακή ενέργεια και χρησιμοποιούν για την ηλεκτροδότηση του νησιού.
Στην εκκλησία του Αϊ Γιώργη στην Δρυοπίδα στεγάζεται το μικρό Βυζαντινό Μουσείο, του οποίου οι ώρες λειτουργίας του είναι καθημερινά από τις 10:00 - 14:00 και από τις 19:00 - 21:00.
Το Υδροθεραπευτήριο της Κύθνου βρίσκεται στα Λουτρά. Το κτίσμα χρονολογείται από το 1857 και διαθέτει ιαματικές πηγές με θεραπευτικές ιδιότητες. Οι λουτήρες του πρώτου βασιλικού ζεύγους της Νεότερης Ελλάδας Όθωνα και Αμαλίας βρίσκονται και εκτίθενται εκεί. Το Υδροθεραπευτήριο λειτουργεί καθημερινά από τον Ιούνιο μέχρι τον Οκτώβριο.
Το σπήλαιο Καταφύκι στην περιοχή Δρυοπίδα είναι ένα από τα μεγαλύτερα της Ελλάδας. Στο εσωτερικό του σπηλαίου μπορείτε να θαυμάσετε σταλακτίτες και σταλαγμίτες.
Το Λαογραφικό Μουσείο βρίσκεται στην Δρυοπίδα. Εδώ μπορείτε να πάρετε μια γεύση από την ζωή των κατοίκων των παλαιότερων χρόνων, μέσα από αντικείμενα καθημερινής χρήσης και παραδοσιακές φορεσιές.
Στο νησί της Κύθνού μπορείτε να επισκεφθείτε πολλές εκκλησίες και μοναστήρια με ιστορικό ενδιαφέρον και μοναδική αρχιτεκτονική.
Η εκκλησία του Αγ. Μηνά στην Δρυοπίδα εντυπωσιάζει με το μοναδικό
ξυλόγλυπτο τέμπλο της, τον λαϊκής τέχνης δεσποτικό θρόνο και τον ξεχωριστό επιτάφιο. Μπορείτε να επισκεφθείτε την εκκλησία του Αγ. Σάββα στη Χώρα, ένα κτίσμα του 1613.
Από τα μεγαλύτερα μοναστήρια του νησιού είναι το Μοναστήρι της Παναγιάς Κανάλας της προστάτιδας του νησιού χτισμένο σε μία υπέροχη τοποθεσία πάνω στο βράχο κοντά στον ομώνυμο οικισμό και το μοναστήρι της Παναγίας του Νίκους 800 μέτρα από τη Χώρα που πήρε την βυζαντινή ονομασία της Παναγίας της Νικοποιού.